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染色质开放性测序
📝 服务介绍
ATAC-seq利用工程化Tn5转座酶在开放染色质区域切割并插入接头序列，通过测序绘制全基因组染色质开放性图谱，揭示调控元件活性和染色质可及性变化。
🔬 实验原理
ATAC-seq原理：利用Tn5转座酶在开放染色质区域切割并插入接头序列，高通量测序检测全基因组染色质开放性(可及性)。开放区域(启动子/增强子)Tn5可进入切割，关闭区域(异染色质)无法进入。需少量细胞(500-50,000)。
📋 应用领域
- 全基因组染色质开放区域图谱(ATAC-seq)
- 开放染色质与活跃启动子/增强子鉴定
- 细胞分化/激活过程中染色质可及性动态
- 转录因子占位与调控网络
- 疾病相关开放染色质变异
- 单细胞ATAC-seq表观多样性
⭐ 服务优势
- 高灵敏度：500-50000细胞即可
- 全基因组覆盖：无偏倚
- 快速简便：Tn5直接接头插入
- 整合分析：与ChIP-seq/RNA-seq联合
🔄 服务流程
- 收集细胞（500-50000个）
- 细胞裂解（NP-40缓冲液）
- Tn5转座酶反应（37C 30min）
- DNA纯化
- PCR扩增建库（i5/i7 index）
- 文库质控（Bioanalyzer）
- 测序（PE150，25-50M reads）
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 细胞/组织 | 500-50000细胞或新鲜组织 |
| 样本类型 | 培养细胞/原代细胞/冻存组织 |
| 测序深度 | 25-50M clean reads/样本 |
| 样本数量 | 对照组+实验组>=3重复 |
| 分析需求 | 峰检出/基序分析/TSS足迹/差异开放区 |
📊 结果展示
ATAC-seq分析报告（含开放性峰图、TSS富集分析、基序分析、差异开放区、GO富集）。
📦 最终交付
ATAC-seq分析报告（含开放性峰图、TSS富集分析、基序分析、差异开放区、GO富集）。
Q: ATAC-seq需要多少细胞
常规5000-50000细胞。若样品极少（如微量临床样本）可用scATAC-seq（单细胞水平）或优化方案（500细胞级别）。过多细胞会导致Tn5消化不足，过少会导致线粒体DNA污染。
Q: ATAC-seq线粒体DNA污染高怎么办
减少起始细胞数、提高去垢剂浓度（0.1% NP-40）、增加洗涤步骤、使用冷裂解缓冲液。也可在分析阶段过滤线粒体reads（比对的chrM reads）。
Q: ATAC-seq和DNase-seq/MNase-seq区别
ATAC-seq：Tn5转座酶切割开放染色质，需500-50,000细胞，步骤简单(2h)，同时提供核定位和footprint信息。DNase-seq：DNase I消化开放染色质，需10⁶+细胞。MNase-seq：MNase消化核小体间DNA，检测核小体定位。ATAC-seq最简便细胞量最少。
Q: ATAC-seq需要多少细胞
500-50,000细胞(推荐5,000-50,000)。<500细胞信噪比低。>50,000细胞需增加Tn5量。单细胞ATAC-seq(scATAC)：10x Genomics/Sci-ATAC，每个细胞1,000-10,000 fragments(覆盖低但单细胞分辨率)。建议bulk 50,000细胞做初筛，scATAC做异质性分析。
Q: ATAC-seq实验注意事项
1)细胞活力>90%(死细胞释放DNA导致背景)；2)去垢剂浓度(0.1% NP-40/Igepal通透核膜)；3)Tn5量(50,000细胞用50μL反应)；4)37°C 30min(过长导致过消化)；5)PCR扩增(5-15 cycles根据文库量)；6)片段筛选(<100bp nucleosome-free/200bp mononucleosome)。需高活力细胞。
Q: ATAC-seq下游分析
1)比对(Bowtie2)→去重复→TSS富集质控；2)Peak检出(MACS2 --nomodel --shift -100 --extsize 200)；3)Motif分析(HOMER/ChromVar)发现TF footprint；4)注释(ChIPseeker)；5)差异开放(DiffBind/DESeq2)；6)与ChIP-seq/RNA-seq整合(开放性-结合-表达)；7)核小体定位(NucleoATAC)。
Q: ATAC-seq质控指标
1)Reads mapping rate>70%；2)TSS富集(Transcription Start Site附近信号)>5倍背景；3)Nucleosome-free reads(<100bp)比例>20%；4)Mononucleosome reads(180-247bp)比例>20%；5)Peak数>10,000(50k细胞)；6)已知开放区域(如GAPDH启动子)有信号。TSS富集是最重要质控指标。