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Chromatin Isolation by RNA Purification
📝 服务介绍
ChIRP利用生物素标记的寡核苷酸探针捕获特定lncRNA及其结合的染色质DNA和蛋白，在全基因组范围鉴定lncRNA的染色质结合位点和互作蛋白，是研究非编码RNA功能的重要技术。
🔬 实验原理
ChIRP原理：Chromatin Isolation by RNA Purification。利用生物素标记的反义寡核苷酸探针杂交捕获染色质相关lncRNA及其结合的DNA/蛋白复合物，qPCR/测序鉴定lncRNA结合的基因组位点，WB/质谱鉴定结合蛋白。
📋 应用领域
- RNA-染色质相互作用全基因组检测
- lncRNA介导的基因调控位点
- 特定RNA在基因组上的结合区域
- RNA-DNA相互作用机制研究
- lncRNA-染色质调控网络
- RNA中枢介导的表观遗传调控
⭐ 服务优势
- 全基因组定位：lncRNA染色质结合图谱
- 互作蛋白鉴定：结合质谱发现RBP
- 机制研究：揭示lncRNA调控通路
- 兼容多种RNA：lncRNA/circRNA
🔄 服务流程
- 设计合成生物素标记寡核苷酸探针（tiling probes）
- 细胞甲醛交联固定
- 细胞裂解超声断裂染色质
- 生物素探针杂交捕获靶RNA复合物
- 链霉亲和素磁珠富集
- 洗涤解交联
- DNA/RNA/蛋白分别提取分析
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 靶RNA序列 | lncRNA/circRNA序列信息 |
| 探针设计 | 由平台设计tiling probes |
| 检测方式 | ChIRP-qPCR/ChIRP-seq/ChIRP-MS |
| 细胞量 | >=10^8细胞 |
| 对照设置 | lacZ探针/U1 snRNA对照 |
📊 结果展示
ChIRP-qPCR富集图、ChIRP-seq结合位点图谱、ChIRP-MS互作蛋白鉴定表（如需）、实验报告。
📦 最终交付
ChIRP-qPCR富集图、ChIRP-seq结合位点图谱、ChIRP-MS互作蛋白鉴定表（如需）、实验报告。
Q: ChIRP探针如何设计
设计tiling probes：沿RNA序列每100-200nt设计一条20-mer寡核苷酸探针，3端生物素标记。避免高重复序列区域。一般需要20-50条探针覆盖全长RNA。
Q: ChIRP和RIP有何区别
ChIRP以RNA为诱饵捕获结合的染色质和蛋白（全基因组定位）；RIP以蛋白为诱饵捕获结合的RNA。研究lncRNA功能用ChIRP，研究RBP靶标用RIP。
Q: ChIRP和RIP区别
ChIRP：捕获lncRNA及其结合的DNA和蛋白(染色质相关复合物)，检测lncRNA在基因组上的结合位点和互作蛋白。RIP：捕获RNA结合蛋白(RBP)及其结合的RNA。ChIRP以RNA为诱饵(探针靶向特定lncRNA)，RIP以蛋白为诱饵(抗体靶向RBP)。研究lncRNA功能选ChIRP。
Q: ChIRP探针怎么设计
设计3-5条生物素标记的DNA寡核苷酸探针(20nt,靶向lncRNA不同区域)，间隔分布。避免靶向蛋白编码基因序列(避免脱靶)。探针GC含量40-60%。设 scrambled对照(无关序列探针)。建议用ssDNA探针(比dsDNA杂交效率高)。可使用Stellaris probe designer或自定义设计。
Q: ChIRP和CHART区别
ChIRP：用DNA寡核苷酸探针捕获lncRNA(需裂解/交联)，灵敏度中等。CHART：用锁定核酸(LNA)或2'-O-methyl探针捕获，特异性高但设计复杂。RAP：使用长RNA探针(60-120nt)，覆盖全转录本捕获所有结合区域。ChIRP最简便(标准DNA探针)，CHRAP/RAP特异性更高。
Q: ChIRP下游检测
1)DNA：qPCR检测已知结合位点/测序发现全基因组位点(ChIRP-seq)；2)蛋白：WB验证已知互作蛋白/质谱发现新互作蛋白(ChIRP-MS)；3)RNA：RT-qPCR检测共结合RNA(如lncRNA-mRNA复合物)。建议ChIRP-seq(全基因组结合)+ChIRP-MS(互作蛋白)全面分析lncRNA机制。
Q: ChIRP交联条件
甲醛1%室温10min(标准交联DNA-蛋白-RNA)。长交联(2% 10min)或双重交联(DSG+甲醛)适用于弱结合/瞬时互作。UV 254nm 400mJ交联用于RBP-RNA直接结合(但可能降低捕获效率)。建议标准甲醛交联用于ChIRP，UV交联用于ChIRP-CLIP(精确位点)。