搜索蛋白质谱鉴定
LC-MS/MS 蛋白鉴定
📝 服务介绍
蛋白质谱鉴定利用液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）对蛋白酶切肽段进行分离和二级碎裂，通过数据库搜索鉴定蛋白种类，是蛋白质组学的基础服务。
🔬 实验原理
蛋白质谱鉴定原理：蛋白质经胰酶消化为肽段后，通过液相色谱(LC)分离串联质谱(MS/MS)分析。一级质谱测定肽段分子量，二级质谱对选定肽段进行碰撞诱导解离(CID/HCD)产生碎片离子，通过碎片谱图与理论谱图比对实现蛋白质鉴定。
📋 应用领域
- 蛋白鉴定（胶条/溶液/IP后）
- 蛋白复合物组分鉴定
- 蛋白翻译后修饰位点发现
- Unknown蛋白从头测序
- 蛋白亚型/变体鉴定
- 蛋白差异表达初步筛选
⭐ 服务优势
- 高灵敏度：可鉴定低丰度蛋白
- 高覆盖率：鉴定肽段覆盖率高
- 兼容混合样品：复杂蛋白混合物
- 数据库搜索：Uniprot数据库比对
🔄 服务流程
- 蛋白提取与定量
- 胰蛋白酶酶切（FASP/S-Trap/溶液内酶切）
- 肽段除盐纯化
- nanoLC-MS/MS分析（C18柱+Orbitrap/Q-TOF）
- 数据库搜索（MaxQuant/Proteome Discoverer）
- 生物信息分析
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 样品类型 | 细胞/组织/体液/胶条/免疫沉淀物 |
| 蛋白量 | >=10ug（银染条带>=1ug） |
| 样品状态 | 冻存或新鲜处理 |
| 物种 | 注明物种（人/鼠/植物/微生物） |
| 特殊要求 | 是否含去垢剂/盐浓度 |
📊 结果展示
蛋白鉴定列表（含蛋白ID/肽段数/覆盖度/分子量等）、原始质谱数据及分析报告。
📦 最终交付
蛋白鉴定列表（含蛋白ID/肽段数/覆盖度/分子量等）、原始质谱数据及分析报告。
Q: 蛋白质谱鉴定能鉴定多少个蛋白
细胞裂解液一般可鉴定2000-5000个蛋白；组织样品3000-6000个蛋白；IP/Co-IP样品10-500个蛋白。鉴定数量取决于蛋白量、样品复杂度和色谱梯度时间。
Q: 银染条带做质谱需要多少蛋白量
银染可见条带通常含1-10ng蛋白，质谱可鉴定。建议切胶时避免污染（手套/洁净刀片），空白胶条做空白对照扣除背景蛋白。
Q: 蛋白谱鉴定需要多少蛋白量
胶内鉴定：考马斯亮蓝染色条带需1-10pmol蛋白(约0.1-1μg)。溶液内鉴定：10-100ng纯化蛋白。全蛋白组鉴定：1-10μg总蛋白。靶向前体蛋白(PRm)定量：1-100ng肽段。样品需高纯度(>90% SDS-PAGE单带)无干扰物质(去垢剂/盐)。建议送样前SDS-PAGE确认纯度。
Q: 蛋白谱鉴定和WB有什么区别
蛋白谱：全面鉴定/定量蛋白质组(发现型)，覆盖全蛋白质组/修饰位点，灵敏度高(fmol)，不需抗体。WB：检测已知蛋白质(验证型)，需特异性抗体，半定量，通量低但结果直观。蛋白质组发现选质谱，已知蛋白验证选WB。建议质谱发现→WB验证关键蛋白。
Q: 蛋白谱鉴定准确度多少
肽段匹配FDR<1%(Target-Decoy策略)。蛋白质鉴定至少需2个unique肽段。覆盖率(序列覆盖率)10-80%取决于蛋白大小和丰度。高丰度蛋白(如白蛋白)鉴定率高，低丰度蛋白需富集。修饰位点定位概率(PTM localization probability)>0.75为可信。建议设技术重复评估再现性。
Q: 蛋白谱鉴定能做什么
1)蛋白质鉴定(混合物中蛋白组成)；2)蛋白质定量(label-free/TMT/iTRAQ相对定量)；3)翻译后修饰分析(磷酸化/泛素化/乙酰化/糖基化)；4)蛋白质相互作用(AP-MS)；5)亚细胞蛋白质组(核/线粒体/膜蛋白)；6)差异表达蛋白筛选(疾病vs正常)；7)靶向定量(PRm/MRM)。
Q: 蛋白谱鉴定样品怎么准备
1)蛋白质溶液：10-100μg/100μL(无尿素/去垢剂，可Tris-HCl/pH7-8缓冲)；2)SDS-PAGE胶条：切目标条带(去染→脱水→还原烷基化→胰酶消化)；3)组织：液氮研磨→裂解(RIPA/尿素)→定量(BCA)→胰酶消化(FASP/溶液)。避免去垢剂(SDS/Triton干扰离子化)，用S-trap/FASP去污。样品-80°C保存。