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无标记定量蛋白质组
📝 服务介绍
Label-free通过比较不同样品中同一肽段的质谱信号强度（峰面积）进行蛋白相对定量，无需同位素标记，适合大批量样本比较，是应用最广的定量蛋白质组方法。
🔬 实验原理
Label-free定量蛋白质组原理：无需同位素标记，通过比较不同样本中肽段的质谱信号强度(Extracted Ion Chromatogram, XIC)或谱图计数(Spectral Counting)实现蛋白质相对定量。具有样品通量灵活、成本低、无标记限制的优点。
📋 应用领域
- 无标记蛋白质组相对定量
- 差异蛋白鉴定与定量
- 蛋白表达谱比较（处理vs对照）
- 通量蛋白定量（无需同位素标记）
- 细胞/组织/血清蛋白组全景
- 差异蛋白生物标志物发现
⭐ 服务优势
- 无标记：成本经济
- 样本数不限：无标记数限制
- 高通量：适合大队列筛选
- 兼容性强：各种样品类型
🔄 服务流程
- 蛋白提取定量酶切
- nanoLC-MS/MS分析（DIA模式优先）
- 数据采集（DDA或DIA）
- MaxQuant/DIA-NN定量分析
- 差异蛋白筛选（倍数变化+统计学检验）
- 生物信息分析（GO/KEGG/PPI）
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 样品 | 细胞/组织/体液，蛋白量>=30ug/样本 |
| 样本数量 | >=3组（对照/实验），每组>=3重复 |
| 分组信息 | 明确组别和比较方案 |
| 特殊要求 | DIA模式优先（减少缺失值） |
| 分析需求 | 差异分析/GO/KEGG/PPI网络 |
📊 结果展示
差异蛋白列表（含Fold Change/p-value/FDR）、火山图/热图、GO/KEGG富集分析、PPI网络图及实验报告。
📦 最终交付
差异蛋白列表（含Fold Change/p-value/FDR）、火山图/热图、GO/KEGG富集分析、PPI网络图及实验报告。
Q: Label-free和TMT/iTRAQ如何选择
Label-free无样本数限制、成本低但批次间需严格控制；TMT/iTRAQ可多重标记（6-16标）减少批次效应但成本高。大批量筛选选Label-free DIA，精确比较选TMT。
Q: Label-free缺失值多怎么办
使用DIA模式代替DDA模式（DIA缺失值<5% vs DDA 15-30%），增加色谱重复性（Blank间隔跑QC样品），MaxQuant参数优化（match between runs功能）。
Q: Label-free和TMT怎么选
Label-free：不需标记，通量灵活(任意样本数)，成本低，但要求高LC-MS稳定性和数据完整性(缺失值多)。TMT：同位素标记通量高(6-16样本)，缺失值少但成本高(试剂贵)、受比值压缩效应影响。小样本量(<6)选TMT(精确)，大样本量(>10)选Label-free(灵活经济)。建议大队列选Label-free。
Q: Label-free定量准确度
CV(变异系数)10-30%(依赖于LC-MS稳定性)。需设技术重复(≥3)评估稳定性。缺失值20-50%(低丰度蛋白谱图少)。数据标准化(Total Ion Current/TIC或median normalization)校正仪器漂移。统计学：t检验/ANOVA+FDR校正(Benjamini-Hochberg)。差异蛋白阈值：Fold Change>1.5且p<0.05。
Q: Label-free需要多少上样量
1-2μg总蛋白/进样(纳升级LC)。需蛋白定量准确(BCA/Bradford)。样品纯度高(无去垢剂/盐)。需Sample amount一致性(各组上样量相同，±10%以内)。建议每样本1-2μg肽段上机，梯度分离60-120min(DWC C18柱)。每样本技术重复2-3次。
Q: Label-free数据分析怎么做
1)搜库(MaxQuant/Proteome Discoverer+Mascot)：参数设置酶切位点、母离子质量误差10ppm、碎片离子误差0.02Da；2)LFQ定量(MaxQuant LFQ或PD中 precursor area)；3)缺失值处理(过滤50%以上样本中检测到的蛋白)；4)标准化(median/TIC)；5)差异分析(t检验/ANOVA+FDR)；6)GO/KEGG富集分析(STRING/DAVID)。
Q: Label-free和DIA区别
Label-free(DDA模式)：数据依赖采集，先做全扫描→选Top N最强离子做二级碎裂，高丰度肽段优先被选择，低丰度肽段可能缺失。DIA(Data Independent Acquisition)：数据非依赖采集，预设m/z窗口(如25Da)对全部肽段碎裂，覆盖更全(缺失值少)但数据复杂需新算法(DIA-NN/Spectronaut)。DIA是Label-free的升级版。