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RNA免疫沉淀
📝 服务介绍
RIP利用特异性抗体在细胞裂液中免疫沉淀RNA结合蛋白及其结合的RNA，通过RT-qPCR或测序鉴定靶RNA，研究RNA结合蛋白（RBP）与RNA的互作和调控机制。
🔬 实验原理
RIP原理：利用特异性抗体在非变性条件下捕获RNA结合蛋白(RBP)及其结合的RNA复合物，磁珠分离后提取RNA，RT-qPCR/测序检测结合RNA序列，揭示RBP的RNA靶标和结合位点。
📋 应用领域
- RNA结合蛋白-靶RNA互作验证
- mRNA/lncRNA结合蛋白鉴定
- RNA-RNA蛋白复合物分析
- 转录后调控机制（稳定性/翻译）研究
- 甲基化识别蛋白与RNA结合
- miRNA-mRNA结合蛋白复合物研究
⭐ 服务优势
- 生理条件检测：保留天然RNA-蛋白互作
- 高通量：RIP-seq全转录组分析
- 兼容多种RBP：HuR/AGO2/FMRP等
- 可定量：qPCR计算富集倍数
🔄 服务流程
- 细胞收集（不加甲醛交联）
- 温和裂解（RIP裂解液含RNase抑制剂）
- 抗体+Protein A/G磁珠孵育
- 免疫沉淀（4C 2-4h）
- 洗涤（含不同盐浓度）
- RNA提取（Trizol/柱纯化）
- DNase I消化
- RT-qPCR或建库测序
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 细胞/组织 | >=10^7细胞或>=200mg组织 |
| 抗体信息 | RBP抗体名称/品牌/货号 |
| 检测方式 | RIP-qPCR/RIP-seq |
| 靶RNA | 已知靶标引物或委托设计 |
| 对照设置 | IgG对照/Input对照 |
📊 结果展示
RIP-qPCR富集倍数图、RIP-seq分析报告（如需）、实验报告。
📦 最终交付
RIP-qPCR富集倍数图、RIP-seq分析报告（如需）、实验报告。
Q: RIP和CLIP有何区别
RIP在非交联条件下检测天然RNA-蛋白复合物，检测直接和间接互作；CLIP使用UV交联固定直接接触的RNA-蛋白，可确定结合位点（单碱基分辨率）。RIP更简单但分辨率低。
Q: RIP实验RNA降解怎么办
全程冰上操作、裂解液和洗涤液中添加RNase抑制剂（0.5-1U/uL）、使用DEPC处理器皿、缩短操作时间、IgG对照无RNA检出确认特异性。
Q: RIP和CLIP有什么区别
RIP：捕获完整RBP-RNA复合物，检测结合RNA(不做UV交联)，操作简单但无结合位点分辨率。CLIP：UV交联固定RBP-RNA→RNase消化→免疫沉淀→建库测序，提供单碱基分辨率结合位点，但步骤复杂效率低。初筛RBP靶标选RIP，精确定位结合位点选CLIP。
Q: RIP裂解液怎么选
温和裂解液保留RNP复合物：RIP lysis buffer(50mM Tris pH7.4+150mM KCl+0.5% NP-40+0.5mM DTT+RNase抑制剂+蛋白酶抑制剂)。膜结合RBP用1% Triton。避免SDS(破坏RNP)。全程冰上操作4°C。加RNase抑制剂(RiboLock/RNasin)和DEPC处理水防止RNA降解。
Q: RIP-qPCR和RIP-seq怎么选
RIP-qPCR：检测已知RNA靶标(设计引物)，定量特定RNA富集。RIP-seq：全转录组范围发现RBP靶标，覆盖广。验证特定lncRNA/mRNA/miRNA选RIP-qPCR，发现新靶标选RIP-seq。建议RIP-seq发现→RIP-qPCR验证关键靶标。
Q: RIP对照怎么设
1)Input(总RNA裂解液，10%)；2)IgG对照(同型IgG排除非特异RNA结合)；3)阴性对照RBP抗体(已知不结合靶RNA的RBP)。Input做归一化。IgG对照检测背景RNA结合。比较IP/Input富集倍数(>2-5倍为阳性)。
Q: RIP RNA怎么提取
IP后磁珠洗涤3-5次(RIP wash buffer)，加Proteinase K 45°C 45min消化蛋白释放RNA→TRIzol/酚氯仿提取RNA→DNase I消化去DNA→纯化RNA。RNA量少需加glycogen carrier助沉淀。RNA质量检测(NanoDrop/Agilent)。低丰度RNA用DNase消化后直接RT-qPCR。