搜索ChIP-qPCR
染色质免疫沉淀定量PCR
📝 服务介绍
ChIP-qPCR在ChIP基础上针对特定基因组位点设计引物，通过qPCR定量检测靶蛋白在特定位点的富集，快速验证转录因子或组蛋白修饰在特定基因调控区的结合情况。
🔬 实验原理
ChIP-qPCR原理：ChIP富集的DNA用qPCR定量特定基因组区域，检测靶蛋白(转录因子/组蛋白修饰)在特定基因位点的结合/富集水平。相比ChIP-seq覆盖有限但灵敏度高，适合验证特定位点结合。
📋 应用领域
- 转录因子/组蛋白修饰在特定位点富集定量
- 靶基因启动子调控区结合验证
- ChIP后续qPCR精确定量
- 处理前后结合水平动态变化
- 特异调控元件富集确认
- 染色质富集的候选位点验证
⭐ 服务优势
- 快速验证：针对性检测特定位点
- 定量准确：qPCR精确定量富集
- 成本低：不需建库测序
- 适合验证：验证ChIP-seq候选位点
🔄 服务流程
- ChIP实验流程同ChIP
- DNA纯化
- 设计靶位点引物（启动子/增强子/内含子）
- qPCR检测富集DNA
- % Input或Enrichment/IgG计算
- 统计检验比较对照组和实验组
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 细胞/组织 | >=10^7细胞 |
| 抗体信息 | ChIP级抗体名称/品牌/货号 |
| 靶位点引物 | 指定基因/位点或委托设计 |
| 对照设置 | 阴性区引物/ IgG对照/Input |
| 样本分组 | 对照组/实验组 |
📊 结果展示
ChIP-qPCR富集倍数柱状图（含统计检验）、原始Ct数据及实验报告。
📦 最终交付
ChIP-qPCR富集倍数柱状图（含统计检验）、原始Ct数据及实验报告。
Q: ChIP-qPCR引物如何设计
在ChIP-seq峰中心附近设计引物，扩增长度80-150bp。需用Input DNA做模板优化（标准曲线R2>0.99效率90-110%）。设阴性区引物（基因间区无峰区域）作阴性对照。
Q: ChIP-qPCR富集倍数多少算阳性
一般%Input>1%或Enrichment/IgG>5倍可认为阳性。需与阴性区位点比较，统计学显著（p<0.05）。建议设已知阳性位点作参考。
Q: ChIP-qPCR引物怎么设计
设计靶向已知结合位点(如转录因子motif所在区域)的qPCR引物。引物长度20-25nt，Tm 58-62°C，产物100-200bp，跨越结合位点。设阳性位点(已知结合区域如H3K4me3在active promoter)和阴性位点(gene desert/gapdh gene body无结合区域)。可用Primer3设计。
Q: ChIP-qPCR结果怎么看
% Input法：IP信号占Input DNA的百分比(2^(-Ct_IP+ Ct_input-Log(dilution))/100)。或富集倍数法：IP/IgG比值。阳性位点应>5-10倍IgG，阴性位点<2倍。每组≥3重复。需设Input对照(10-20%总裂解液)和IgG对照(同型IgG IP)。报告% Input更直观。
Q: ChIP-qPCR和ChIP-seq怎么配合
ChIP-seq发现全基因组结合位点→ChIP-qPCR验证关键位点。ChIP-qPCR灵敏度高(适合低丰度蛋白)。ChIP-seq覆盖广(适合全基因组发现)。建议ChIP-seq初筛→ChIP-qPCR定量验证关键靶基因。或ChIP-qPCR直接验证已知位点(节省成本)。
Q: ChIP-qPCR能检测什么
1)转录因子在启动子/增强子上的结合(如NF-κB在靶基因启动子)；2)组蛋白修饰分布(如H3K4me3在active promoter/H3K27me3在沉默区域)；3)RNA Pol II结合(转录活跃区域)；4)Cohesin/CTCF在绝缘子上的结合；5)药物处理后结合变化(治疗vs对照比较)。
Q: ChIP-qPCR需要多少细胞
10⁶-10⁷细胞/IP(常规)。低细胞量(10⁵)可优化：1)减少洗涤步骤；2)增加PCR循环；3)使用carrier DNA(增加回收)。需设Input(10%)和IgG对照。蛋白丰度低/抗体亲和力弱需更多细胞(10⁷)。建议预实验做阳性对照(如H3K4me3在GAPDH启动子)验证系统。