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单细胞蛋白质组学
📝 服务介绍
单细胞蛋白质组利用微流控分选单个细胞，通过TMT标记和质谱在单细胞水平检测蛋白质表达，揭示细胞异质性和稀有细胞亚群。
🔬 实验原理
单细胞蛋白质组原理：单细胞蛋白质组分析单个细胞中的蛋白质表达和翻译后修饰，揭示细胞间异质性和稀有细胞群体。方法包括质谱流式(CyTOF:金属标签抗体+ICP-MS)和单细胞质谱(nanoLC-MS SCoPE-MS/PLEX-ISLC)。单细胞蛋白质组是蛋白质组学前沿领域。
📋 应用领域
- 单细胞蛋白组微量鉴定与定量
- 单细胞异质性蛋白谱分析
- 稀有/微量细胞蛋白表征
- 单细胞差异表达蛋白发现
- 细胞亚群蛋白功能分型
- 微量临床样本蛋白组学
⭐ 服务优势
- 单细胞分辨率：异质性分析
- 兼容FACS分选
- 多重TMT标记：通量提升
- 稀有亚群鉴定
🔄 服务流程
- 单细胞FACS分选至96孔板
- 裂解和酶切（微体积体系）
- TMT标记（每孔一个标记通道）
- 混合和LC-MS/MS分析
- Single-Cell数据分析
- 细胞亚群聚类分析
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 样品 | 单细胞悬液（FACS分选） |
| 细胞数量 | 建议96-384个单细胞/批次 |
| 分选策略 | 指定分选标志物/亚群 |
| 分析需求 | 细胞亚群聚类/差异蛋白/通路 |
| 特殊要求 | 避免双细胞污染 |
📊 结果展示
单细胞蛋白质表达矩阵、细胞亚群聚类图（UMAP/t-SNE）、差异蛋白分析及实验报告。
📦 最终交付
单细胞蛋白质表达矩阵、细胞亚群聚类图（UMAP/t-SNE）、差异蛋白分析及实验报告。
Q: 单细胞蛋白质组能检测多少个蛋白
目前SCoPE-MS/sc-proteomics方法可检测每个细胞500-1500个蛋白（深度有限）。使用TMT multiplexing可提高通量但深度不变。适合鉴定主要细胞亚群，不适合深度通路分析。
Q: 单细胞蛋白质组和单细胞RNA-seq如何互补
scRNA-seq覆盖度高（10000+基因）但无法直接反映蛋白水平；sc-proteomics覆盖度低但直接检测蛋白。两者互补：RNA-seq发现亚群，sc-proteomics验证关键蛋白标志物。联合多组学分析是趋势。
Q: 单细胞蛋白质组怎么做
1)单细胞分选(FACS/微流控Chip)→裂解；2)SCoPE-MS:carrier通道(等量混合细胞提供肽段载体)增强检测；3)胰酶消化→nanoLC-MS/MS(超灵敏)；4)搜库定量。CyTOF方法：金属标签抗体+ICP-MS检测40+蛋白/单细胞。SCoPE-MS可检测1000+蛋白/单细胞。建议CyTOF(通量高/成本低)做初筛，SCoPE-MS做深度分析。
Q: 单细胞蛋白质组和scRNA-seq区别
scProteomics：直接检测蛋白质(翻译后修饰/蛋白异构体)，但通量低(100-1000细胞)和深度有限(500-2000蛋白)。scRNA-seq：检测mRNA(不反映翻译/PTM)，但通量高(10,000+细胞)和深度好(2000-6000基因)。scProteomics揭示翻译调控和PTM异质性(不依赖mRNA)。建议scRNA-seq初筛→scProteomics验证关键蛋白。
Q: 单细胞质谱SCoPE-MS怎么做
1)FACS分选单细胞至96孔板；2)裂解液裂解；3)加入carrier细胞(等量混合细胞裂解液)提高肽段检测灵敏度；4)胰酶消化；5)NanoLC-MS/MS分析；6)数据处理(MaxQuant+SCoPE-MS pipeline)。每批可检测100-200单细胞×500-1000蛋白。建议设技术重复和对照组评估稳定性。
Q: CyTOF和SCoPE-MS区别
CyTOF(质谱流式)：金属标签抗体+ICP-MS检测40-50蛋白/单细胞，通量高(10,000+细胞/s)，需已知抗体。SCoPE-MS(单细胞质谱)：无标签检测500-2000蛋白/单细胞，通量低(100-200细胞/batch)，不需抗体但深度有限。CyTOF适合已知蛋白高通量筛选(免疫分型)，SCoPE-MS适合未知蛋白发现。
Q: 单细胞蛋白质组能做什么
1)细胞异质性(同一类型细胞间蛋白表达差异)；2)稀有细胞群体鉴定(干细胞/耐药亚群)；3)信号通路异质性(磷酸化单细胞差异)；4)药物响应异质性(不同细胞药物敏感性差异)；5)细胞命运轨迹(发育/分化中蛋白动态)。整合scProteomics+scRNA-seq+scATAC(多组学单细胞)揭示转录-翻译-表观调控。