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染色质免疫沉淀测序
📝 服务介绍
ChIP-seq将ChIP富集的DNA片段建库高通量测序，在全基因组范围绘制转录因子结合位点或组蛋白修饰图谱，是表观基因组学和转录调控网络研究的核心手段。
🔬 实验原理
ChIP-seq原理：ChIP富集的DNA片段建库(加接头)后高通量测序，比对参考基因组后用MACS2/BroadPeak等软件检出富集峰，揭示全基因组范围转录因子结合位点或组蛋白修饰分布。
📋 应用领域
- 全基因组转录因子结合图谱
- 组蛋白修饰全基因组谱（H3K4me3/H3K27ac等）
- 增强子/启动子调控元件的全基因组鉴定
- 细胞状态转变中染色质重编程
- 疾病相关表观遗传重编程
- 转录调控网络构建
⭐ 服务优势
- 全基因组覆盖：无偏倚扫描结合位点
- 高分辨率：单碱基级定位
- 多组学整合：结合RNA-seq/ATAC-seq
- 数据丰富：峰信号/TSS分布/基序分析
🔄 服务流程
- ChIP实验（同ChIP流程）
- DNA片段浓度测定（Qubit）
- 建库（接头连接+PCR扩增）
- 文库质控（Bioanalyzer 200-400bp）
- Illumina测序（PE150，20-30M reads）
- 峰检出（MACS2）
- 下游分析：注释/TSS分布/基序/GO分析
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 细胞/组织 | >=10^7细胞或>=200mg组织 |
| 抗体信息 | ChIP级抗体（建议经ChIP验证） |
| 测序深度 | 20-30M clean reads/样本 |
| 样本数量 | 对照组+实验组，建议>=2重复 |
| 分析需求 | 峰检出/注释/基序/GO/KEGG |
📊 结果展示
ChIP-seq分析报告（含峰检出图、IGV可视化、TSS分布热图、基序分析、差异结合分析、GO/KEGG富集）。
📦 最终交付
ChIP-seq分析报告（含峰检出图、IGV可视化、TSS分布热图、基序分析、差异结合分析、GO/KEGG富集）。
Q: ChIP-seq需要多少起始细胞
常规需要1-5x10^7细胞。若样品量有限可使用ChIP-seq低起始量方案（1000-10000细胞），但需使用特殊建库试剂盒（如ThruPLEX）。
Q: ChIP-seq和CUT&RUN如何选择
ChIP-seq经典方法通量高但需大量细胞和强交联；CUT&RUN（Cleavage Under Targets and Release Using Nuclease）使用MNase-抗体靶向切割，背景低、分辨率高、起始量低（1000细胞），适合稀有样本。
Q: ChIP-seq需要多少测序量
组蛋白修饰：20-40M reads(广泛分布)。转录因子：20-60M reads(窄峰)。Pol II：20-40M。建议每个样本≥30M clean reads(PE150)。多组样本需设生物学重复≥2(建议3重复)。Input DNA对照需同样测序量。illumina NovaSeq PE150测序。
Q: ChIP-seq峰检出参数怎么设
MACS2：组蛋白修饰(--broad --broad-cutoff 0.1)，转录因子(default narrow peak)。p-value阈值1e-5(标准)或1e-2(宽松)。Input DNA做对照扣除背景。FRiP(Fraction of Reads in Peaks)>1%为合格。IGV可视化确认峰质量。需手动检查已知靶基因位点。
Q: ChIP-seq和CUT&Tag有什么区别
ChIP-seq：甲醛固定→超声→IP→建库测序，步骤多需大量细胞(10⁶-10⁷)。CUT&Tag：无需固定，pAG-Tn5酶在抗体引导下直接在结合位点切割并加接头，细胞量少(10⁴-10⁵)、背景低、信噪比高。CUT&Tag更简便适合少量细胞，ChIP-seq适合复杂/弱结合蛋白。
Q: ChIP-seq下游分析有哪些
1)Motif分析(HOMER/MEME)发现结合基序；2)注释峰附近基因(ChIPseeker/HOMER)；3)GO/KEGG富集；4)与ATAC-seq/RNA-seq整合(开放性-结合-表达关联)；5)热图/Profiles(deeptools)；6)超级增强子鉴定(H3K27ac)；7)差异结合(DiffBind)。建议整合多组学。
Q: ChIP-seq质控指标有哪些
1)Reads mapping rate>70%；2)PCR duplication<20%；3)Peak number>1000(转录因子)或>5000(组蛋白)；4)FRiP(Fraction of Reads in Peaks)>1%；5)已知靶基因位点有峰(阳性对照)；6)IgG对照几乎无峰；7)NSC/RSC>1(Nucleosome-Free Region富集信号)。