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AQUA绝对定量蛋白质
📝 服务介绍
AQUA绝对定量利用合成的同位素标记肽段（AQUA肽段）作为内标，通过已知浓度内标与目标肽段的信号比值计算目标蛋白的绝对含量（拷贝数/细胞或fmol/ug）。
🔬 实验原理
绝对定量蛋白质组原理：通过合成同位素重标肽段(AQUA肽段)做内标，建立标准曲线实现蛋白质绝对定量(拷贝数/细胞或fmol/μg)。常用方法包括MRM/SRM(三重四极杆)和PRM(高分辨质谱)，是蛋白质组定量的金标准。
📋 应用领域
- 目标蛋白绝对定量（合成肽标定）
- 蛋白拷贝数/物质绝对浓度
- 质谱AQUA/PSAQ定量
- 关键蛋白精确定量
- 蛋白质组计量标准
- 生物标志物绝对浓度检测
⭐ 服务优势
- 绝对定量：fmol/ug级精确
- 内标校正：消除基质效应
- 临床转化：标志物绝对量
- 兼容PRM/SRM模式
🔄 服务流程
- 目标肽段选择（unique proteotypic peptide）
- 合成AQUA重标肽段（C13/N15标记）
- 样品酶切加入已知浓度AQUA肽段
- LC-PRM/MS分析（目标肽段+AQUA内标）
- 提取离子色谱比值定量
- 绝对浓度计算（fmol/ug蛋白或拷贝数/细胞）
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 目标蛋白/肽段 | 来自发现阶段的候选蛋白列表 |
| AQUA肽段 | 由平台合成重标肽段 |
| 样品 | 细胞/组织/体液 |
| 定量需求 | 绝对定量（fmol/ug） |
| 样本数量 | 验证队列 |
📊 结果展示
目标蛋白绝对定量结果表（fmol/ug蛋白或拷贝数/细胞）、PRM色谱图、方法验证参数及实验报告。
📦 最终交付
目标蛋白绝对定量结果表（fmol/ug蛋白或拷贝数/细胞）、PRM色谱图、方法验证参数及实验报告。
Q: AQUA绝对定量需要多少AQUA肽段
每个目标蛋白选择1-3条unique proteotypic肽段，合成对应的AQUA重标肽段。一般每个肽段0.5-1mg足够使用数百次。建议加入标准曲线（0.1-100 fmol梯度）确认线性。
Q: 如何选择proteotypic肽段
选择在DDA/DIA数据中频繁鉴定、信号强的肽段（proteotypic peptide）。长度7-25aa，不含Met(易氧化)/N-glycosylation motif/ missed cleavage site。使用PeptideAtlas/ SRMAtlas数据库辅助选择。
Q: 绝对定量怎么做
1)选择目标肽段(2-3 unique肽段/蛋白，胰酶消化后稳定且unique)；2)合成重标肽段(AQUA肽段：C13/N15标记Leu/Arg/Phe，与轻肽段质量差6-10Da)；3)已知浓度重标肽段加入样品(内标)；4)胰酶消化+LC-MRM/PRM分析(同时检测轻/重肽段)；5)轻/重比值=相对定量→标准曲线绝对定量(拷贝数/细胞)。需精确蛋白定量(BCA/氨基酸分析)。
Q: 绝对定量和相对定量区别
绝对定量(AQUA/MRM/PRM)：重标肽段做内标，标准曲线定量(拷贝数/细胞或fmol)，精确度最高(金标准)，但需合成重标肽段(成本高/周期长)且通量低(10-200蛋白)。相对定量(label-free/TMT)：比较组间蛋白丰度比值(fold change)，不需重标肽段(成本低)，通量高(全蛋白质组)。关键蛋白绝对定量选AQUA，差异筛选选相对定量。
Q: 绝对定量需要多少样品
1-2μg总蛋白/进样(与PRM相同)。需精确蛋白定量(BCA/AAA)，加入已知浓度AQUA重标肽段(内标浓度接近待测肽段)。每蛋白2-3肽段×2-3碎片离子/肽段。标准曲线：5-8个浓度梯度(0.1-1000fmol)。AQUA肽段成本约2000-5000元/肽段。建议5-20个靶蛋白同时定量(中通量PRM)。
Q: 绝对定量能做什么
1)蛋白质绝对丰度(拷贝数/细胞，比较不同蛋白丰度)；2)生物标志物绝对定量(临床样本蛋白浓度ng/mL)；3)药物靶点定量(药物处理前后靶蛋白丰度)；4)信号通路蛋白计量(激酶/底物绝对丰度比)；5)蛋白质组校准(绝对定量值校准相对定量数据)。建议绝对定量关键蛋白(标志物/靶点)+相对定量全蛋白质组。
Q: 绝对定量和PRM区别
绝对定量(AQUA-PRM/MRM)：加重标肽段内标+标准曲线→绝对丰度(拷贝数/细胞)。PRM相对定量：不加重标肽段→相对丰度(fold change vs 对照组)。PRM+重标肽段=绝对定量。MRM(三重四极杆)灵敏度最高(离子传输率高)但通量低(50-100肽段)。PRM(高分辨)选择性高(碎片离子区分干扰)通量中(200-500肽段)。建议PRM+AQUA(平衡通量和精度)。