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亲和纯化-质谱互作组
📝 服务介绍
AP-MS利用标签抗体（Flag/HA/Myc/Strep等）亲和纯化诱饵蛋白及其互作复合物，通过质谱鉴定互作蛋白，在全蛋白质组范围发现和验证蛋白-蛋白互作网络。
🔬 实验原理
AP-MS互作蛋白质组原理：免疫沉淀(IP)或亲和纯化(AP)捕获靶蛋白及其互作复合物，通过LC-MS/MS鉴定互作蛋白。包括经典AP-MS(抗体/标签捕获)和BIO-MS(BioID邻近标记: TurboID/BioID2生物素连接酶标记邻近蛋白)。
📋 应用领域
- 亲和纯化-质谱（AP-MS）蛋白复合体鉴定
- 诱饵蛋白互作网络解析
- 内源复合物/应激复合物组成
- 拉下产物质谱鉴定
- 互作组学高通量筛查
- 蛋白复合体动态变化研究
⭐ 服务优势
- 生理条件互作：保留天然复合物
- 全蛋白质组范围：发现新互作
- 多重对照：排除非特异结合
- 兼容定量：LF/TMT区分特异互作
🔄 服务流程
- 构建标签融合蛋白表达载体
- 转染/感染目标细胞
- 裂解温和（0.5% NP-40）
- 标签磁珠亲和纯化
- 洗涤（控制严格性）
- 银染/质谱鉴定互作蛋白
- 数据分析（SAINT/MaxQuant）
📋 服务详情 / 客户提供
| 项目 | 要求 |
|---|---|
| 诱饵蛋白 | CDS序列+标签类型（Flag/HA/Strep等） |
| 细胞系 | 指定细胞系 |
| 标签类型 | Flag/HA/Myc/Strep-TagII |
| 对照设置 | 空标签对照/IgG对照 |
| 分析需求 | 互作蛋白鉴定/特异性评分 |
📊 结果展示
互作蛋白列表（含特异性评分SAINT/折叠变化）、火山图、PPI网络图及实验报告。
📦 最终交付
互作蛋白列表（含特异性评分SAINT/折叠变化）、火山图、PPI网络图及实验报告。
Q: AP-MS如何区分特异和非特异互作
设对照：空标签细胞/未转染细胞/IgG对照。使用SAINT/ComPASS算法计算特异性评分（基于互作蛋白在对照组的频率和丰度）。TMT多重标记可同时比较实验组和对照组提高统计力。
Q: AP-MS和Co-IP有何区别
AP-MS使用标签融合蛋白（过表达）+质谱鉴定（全蛋白质组发现）；Co-IP使用内源蛋白抗体+WB验证（定向验证）。AP-MS发现新互作伙伴，Co-IP验证内源互作。建议两者结合。
Q: AP-MS怎么做
1)细胞表达带标签靶蛋白(FLAG/HA/His/Strep)或内源性抗体IP；2)裂解(温和裂解液0.5%NP-40保留复合物)；3)亲和捕获(Anti-FLAG磁珠/Strep-Tactin/Protein G)；4)洗涤3-5次(去除非特异结合)；5)胰酶消化(on-bead digest)；6)LC-MS/MS鉴定互作蛋白。设对照组：1)空标签对照(排除标签非特异结合)；2)KO对照(排除靶蛋白非特异互作)；3)IgG对照。
Q: AP-MS和Co-IP区别
AP-MS：质谱鉴定互作蛋白(发现型)，不需预先知道互作蛋白，全面鉴定互作组，但需标签/抗体且不能区分直接/间接互作。Co-IP：WB验证已知互作(验证型)，需抗体检测特定互作蛋白，半定量但结果直观。互作蛋白发现选AP-MS，已知互作验证选Co-IP。建议AP-MS发现→Co-IP验证。
Q: BioID/TurboID怎么做
1)构建TurboID-靶蛋白融合体；2)加biotin(50μM)标记10-30min(TurboID快速标记)；3)裂解→链霉亲和素磁珠捕获生物素化蛋白；4)胰酶消化→LC-MS/MS。BioID(需18-24h标记)已被TurboID(10-30min)取代。优势：捕获瞬时/弱互作和邻近蛋白(不需要直接互作)。设TurboID-only对照(排除TurboID自身互作)。
Q: AP-MS互作蛋白怎么过滤
1)扣除对照组蛋白(空标签对照/TurboID-only)；2)扣除常见污染蛋白(CRAPome数据库：核糖体/角蛋白/热休克蛋白)；3)特异性打分(SAINT/MiST/CompPASS)计算互作特异性；4) Fold Change >2倍 vs 对照组；5)在≥2/3生物学重复中检测到。设FDR<5%。 STRING/Cytoscape构建互作网络。
Q: AP-MS能做什么
1)蛋白质复合物鉴定(如剪接体/核糖体/信号通路)；2)药物靶点互作组(药物处理前后互作变化)；3)突变影响互作(野生型vs突变体互作差异)；4)亚细胞互作组(核/线粒体/膜互作)；5)信号通路调控(激酶-底物互作)。整合AP-MS+磷酸化组(互作-修饰关联分析)。